关于患有肠易激综合征 （IBS）的最令人沮丧的事情之一是缺乏对该疾病原因的物理证明，使其看起来好像“一切都在你的头上”。 在患有虚弱症状并经历各种测试后，患者经常被告知“没有任何问题”或“只是压力”。事实上，IBS被归类为功能性胃肠道疾病，因为没有可见的炎症或组织异常通过常规诊断测试看到。
然而，这并不一定意味着患有IBS的人没有任何身体上的错误。 研究人员正在追求五个领域，其中IBS患者和不患IBS的人群之间可能存在差异。
动力
运动性是指消化道平滑肌的运动。 虽然研究没有显示一致的结果，但有证据表明，这种运动的速度在IBS个体的结肠和小肠中都改变了。 在一些患有腹泻为主的IBS （IBS-D）的个体中观察到比正常快的收缩，而在一些患有便秘为主的IBS （IBS-C）的个体中，肌肉运动速度太慢。
内脏超敏反应
内脏超敏反应是对身体内部器官的高度疼痛感。 研究表明，许多IBS患者在不同阈值水平的直肠疼痛比不患有该疾病的人患有疼痛。
据认为，这种疼痛感觉差异是肠道神经变得对刺激敏感的过程的结果。
脑 - 肠道连接
消化系统有自己的一种大脑，肠神经系统。 这个神经网络指导消化过程，并且与大脑密切沟通。
这种相互作用在压力反应期间看得最清楚。 有证据表明肠道和大脑之间相互作用的功能障碍可能是导致IBS症状的运动障碍和内脏超敏反应的基础。 这种功能障碍被认为与特定神经递质水平的不平衡有关，这就是为什么IBS患者在服用抗特定神经递质的抗抑郁药时常常能够缓解症状。
炎
根据定义，IBS不会出现明显的炎症。 这并不意味着炎症不一定涉及; 这只是意味着炎症在常规诊断测试中不可见。 有证据显示，一些IBS患者在细胞水平上出现低度慢性炎症的可能性。 这种炎症被认为最有可能与其中肠胃炎发作之前发生IBS的病例相关联，IBS被归类为感染后IBS（IBS-PI） 。
肠道细菌
尽管不像听起来那么清楚，但肠道细菌的复杂性质在被归类为好细菌（如益生菌 ）和坏细菌（与感染和炎症相关的细菌）时最容易理解。
关于肠道细菌的研究已经开始提供一些证据，证明某些IBS患者的细菌构成与那些没有患病的患者之间存在差异。 作为IBS的促进因素，即小肠细菌过度生长 （SIBO），细菌在小肠中的作用受到了特别关注。