艾滋病疫苗设计的难题之一是，该病毒具有独特的能力，可以将自身“隐藏”自身免疫系统和旨在中和它的药物。 病毒不是在血液中自由循环，而是容易识别，病毒将其细胞和组织自身嵌入整个身体，称为前病毒状态。
在其病毒感染状态下， 艾滋病病毒只是将其遗传物质插入宿主细胞。 因此，它不是作为自由循环病毒复制，而是随着宿主细胞的复制而简单复制。 因此，在延迟时间内，人体的免疫系统不会被警告到病毒的存在，从而使其一直保持不受阻碍。
虽然艾滋病毒当然不是唯一已知这样做的病毒病原体，但其隐藏自身的能力已经使根除几乎不可能，使研究人员在30年的较好时间内混淆。
目前，科学家还没有完全确定该病毒的普遍程度。 约翰霍普金斯大学2103年的研究表明，携带艾滋病毒的细胞水库可能比以前想象的大60倍。
尽管正在努力从这些感染的细胞中激活和“踢”病毒，但很少有药物已被证明能够达到实现根除治愈所需的激活水平。
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根据定义，原病毒是整合到感染宿主细胞DNA中的病毒的遗传物质（基因组）。
有两个前病毒状态。 第一种病毒只是病毒复制的一个阶段，当前病毒通过称为mRNA转录的过程“劫持”宿主细胞的遗传编码并指导新病毒的合成，后者继续感染其他宿主细胞。
这被称为生产性感染。
第二种状态是病毒不会主动复制，而是被动地在宿主细胞的DNA中被随身携带，因为它一代一代地复制。 这被称为潜伏感染 ，并且感染了原病毒的宿主细胞通常被称为潜伏储库 。
潜伏感染可能会因宿主环境的变化或受感染个体的健康而突然变得有效。 在HIV中，这种情况通常发生在抗逆转录病毒疗法失败时 ，或者由于抵抗力的发展或者次佳的依从性 ，和/或当免疫防御因感染而消耗时。
当这种情况发生时，“无声”病毒可能突然激活并开始表达自己的基因组，产生新的病毒，同时杀死宿主细胞。
艾滋病毒疫苗设计的挑战之一是确定如何在潜伏的，原始状态下有效根除艾滋病毒。 由于艾滋病毒不是复制药物的潜伏感染， 抗逆转录病毒药物（通过抑制病毒复制起作用）几乎没有影响。 因此，即使面对完全抑制性的抗逆转录病毒疗法 ，病毒基本上是不可见的，仍能保持隐藏。
科学家们现在正在探索如何使用一种或多种药物活化潜伏的水库。 如果成功的话，理论上可以采用其他策略（治疗性的，免疫性的）来根除新暴露的HIV。 通常被称为“踢球”，该方法可能最终导致成功的候选疫苗和/或策略。
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资料来源：
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